פרוייקט הדגל של הגרעינים התורניים הינו מיזם מנהיגי הקהילות. בצד הגרעין התורני הפועל במרחב העירוני ישנו מנהיג קהילה הפועל בעיקר בקהילת בית הכנסת בה הוא משמש כרב. הרשת מכשירה מנהיגי קהילה במסגרת הכשרה בת שנתיים בה רוכש הרב אמצעים לתקשורת עם הקהילה וגישה לצרכיה המגוונים מעבר לכלים שכבר רכש בבית המדרש. הרשת פועלת להשמת הרבנים בקהילות ומעניקה למנהיג הקהילה מלגה חודשית בתחילת דרכו.