פרוייקט הדגל של הגרעינים התורניים הינו מיזם רבני קהילות. בצד הגרעין התורני הפועל במרחב העירוני ישנו רב קהילה הפועל בעיקר בקהילת בית הכנסת בה הוא משמש כרב.

ארגון שעלים מכשיר את רב הקהילה במסגרת הכשרה בת שנתיים בה רוכש הרב אמצעים לתקשורת עם הקהילה וגישה לצרכיה המגוונים מעבר לכלים שכבר רכש בבית המדרש.

אירגון "שעלים" פועל להשמת הרבנים בקהילות ומעניק לרב הקהילה מלגה חודשית בתחילת דרכו.